1898年,戊戌六君子在菜市口英勇就义,谭嗣同是变法的主将之一,在被捕之前他有过几次逃生的机会,但是他都拒绝了。
梁启超劝他一起去日本时,他说:“不有行者,无以图将来;不有死者,无以酬圣主。”后来又有人劝他逃走,他又说:“各国变法,无不从流血而成,今日中国未闻有因变法而流血者,此国之所以不昌也。有之,请自嗣同始!”他下定死的决心,以期唤醒后来有志图强的人。不幸被捕后,他在狱中大义凛然,神情自若,并在狱壁上写了一首诗:“望门投止思张俭,忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑,去留肝胆两昆仑。”(张俭,东汉人,因为弹劾宦官侯览,被迫害逃亡,人们看中他的品德,都愿接纳他。杜根,东汉安帝时郎中,因上书要求临朝听政的邓太后还政于皇帝,触怒太后,被害险些致死。谭嗣同相信康、梁等逃出后会有人接纳,自己则愿作忍死的杜根。他们的去和自己的留,是肝胆相照的,犹如那巍巍的昆仑山一样。)
9月28日,他和其他五君子一起被押赴刑场,行刑前,谭嗣同高声朗诵道:“有心杀贼,无力回天,死得其所,快哉快哉!”大声呼罢,哈哈大笑。上万围观的人,无不潸然泪下。虽然戊戌变法最后失败了,但是他为国富民强甘愿献身的精神将彪炳史册。