糜子叶绿体基因组密码子使用偏性的分析 刘慧;王梦醒;岳文杰;邢光伟;葛玲巧;聂小军;宋卫宁 【期刊名称】《植物科学学报》 【年(卷),期】2017(035)003 【摘 要】密码子使用偏性（CUB）是生物体重要的进化特征,对研究物种进化、基因功能以及外源基因表达等具有重要科学意义。本研究利用糜子（Panicum miliaceum L.）叶绿体基因组中筛选出的53条蛋白编码序列,对其密码子使用模式及偏性进行了分析。结果表明,糜子叶绿体基因的有效密码子数（ENC）在37.14~61之间,多数密码子的偏性较弱。相对同义密码子使用度（RSCU）分析发现,RSCU〉1的密码子有32个,其中28个以A、U结尾,表明第3位密码子偏好使用A和U碱基。中性分析发现,GC3与GC（12）的相关性不显著,回归曲线斜率为0.2129,表明密码子偏性主要受到自然选择的影响;而ENC-plot分析发现大部分基因落在曲线的上方及周围,表明突变也影响了密码子偏性的形成。进一步的对应性分析发现,第1轴为主要影响因素,解释了17.92%的差异,其与ENC、GC3S值的相关性均达到显著水平,但与CBI、GCall不相关。最后,9个密码子被鉴定为糜子叶绿体基因组的最优密码子,糜子叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用。 【总页数】10页(P362-371) 【作 者】刘慧;王梦醒;岳文杰;邢光伟;葛玲巧;聂小军;宋卫宁 【作者单位】西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100 【正文语种】中 文 【中图分类】Q346.4 【相关文献】 1.陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析 [J], 尚明照;刘方;华金平;王坤波 2.糜子叶绿体基因组密码子使用偏性的分析 [J], 刘慧;王梦醒;岳文杰;邢光伟;葛玲巧;聂小军;宋卫宁 3.竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析 [J], 吴妙丽;陈世品;陈辉;; 4.两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析 [J], 陆奇丰; 骆文华; 黄至欢 5.银杏叶绿体基因组密码子使用偏性分析 [J], 李薇;王倩;胡晓艳;杜淑辉 因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买 本文来源：https://www.wddqw.com/doc/d50f1f57954bcf84b9d528ea81c758f5f61f29c3.html